真核生物80S核糖體中包含4種沉降系數(shù)不同的rRNA，其中，40S核糖體亞基(小亞基)中包含18S rRNA，而60S核糖體亞基(大亞基)中包含5S rRNA、5.8S rRNA和28S rRNA。即真核細胞核糖體中通常含28S、18S、5.8S和5S 四種rRNA;真核細胞中的18S rRNA是16S rRNA的同源RNA，其相對分子質(zhì)量約為0.7 MDa，長度約為1900 nt。18S rRNA除了比16S rRNA稍長且多一些臂和環(huán)結(jié)構(gòu)外，兩者空間結(jié)構(gòu)十分相似，在核糖體中起到的作用也基本相同。所以就酵母而言，鑒定酵母菌株本身是需要進行18s鑒定，之所以酵母中同時出現(xiàn)了真核和原核的rRNA沉降系數(shù)，可能是因為該株酵母中含有共生體(線粒體，質(zhì)體)上海融享生物科技有限公司主營測序包括16s 18S ITS 。湖南真核微生物16S測序

對于 ITS 基因擴增，由于整個 ITS 區(qū)域太長，

目前的第二代測序無法對其進行完全測序。因此，

我們捕捉的目的片段目前只針對 ITS1 或 ITS2 區(qū)

域，EMP 則是推薦了擴增 ITS1 基因的引物對

ITS1F/ITS2。由于這對引物是在物種中只有一

小部分分子變異已知的情況下設(shè)計的，因此在我們

的結(jié)果中其覆蓋度并不高。在過去的研究中，這對

引物在擔(dān)子菌等部分類群的擴增中有錯配，甚

至不匹配的比例很高，因此當(dāng)我們允許一個堿

基的錯配時，這對引物對 Unite ITS1 數(shù)據(jù)庫的覆蓋

度可以提高一倍。 湖北古細菌16S測序機構(gòu)哪里有上海融享生物科技有限公司主營測序包括 18S 。

由于真核微生物的核糖體 DNA 是由核糖體基

因及與之相鄰的間隔區(qū)(ITS)組成，使擴增

ITS1 的正向引物落在 18S 亞基上，擴增 ITS1 的反

向引物和擴增 ITS2 的正向引物落在 5.8S，而擴增

ITS2 的反向引物則是落在 28S 亞基上。然而目前并

沒有一個較為準(zhǔn)確完整的數(shù)據(jù)庫能夠提供從 18S 至

28S 全長序列。因此，我們用 ITSx Extractor 從專門

針對 ITS 序列的數(shù)據(jù)庫 Unite 中分別篩選出的

ITS1、ITS2 和 ITS 全長序列，并構(gòu)建了 3 個新的

數(shù)據(jù)庫。其中，ITS1 數(shù)據(jù)庫的篩選條件為：包含 ITS1

基因，且 ITS1 基因前、IT1 基因后序列長度>100 bp；

ITS2 數(shù)據(jù)庫的篩選條件為：包含 ITS2 基因，且 ITS2

基因前、ITS2 基因后序列長度>100 bp；ITS 基因全

長序列數(shù)據(jù)庫的篩選條件為：序列包含 ITS1 基因，

ITS2 基因、且 ITS1 基因前、ITS1 基因與 ITS2 基

因間隔、ITS2 基因后序列長度>100 bp。

１６ＳｒＲＮＡ 基因序列分析的基本方法可將 ＰＣＲ產(chǎn)物克隆到質(zhì)粒

載體上進行測序，與１６ＳｒＲＮＡ 數(shù)據(jù)庫中的序列進行比較。目 前，大量已知 微 生 物 的 ＤＮＡ 都被測定并輸入國際基因數(shù)據(jù)

庫，成為對微生物鑒定分類非常有用的參照系統(tǒng)，從而可以通

過測定某種未知微生物１６ＳｒＤＮＡ 序列，與基因庫中已有菌株

的１６ＳｒＤＮＡ 序列進行同源對比及分析，即可得出待測菌的菌

屬類別，從而達到對其進行快速、有效的鑒定分類的目的。

Ｂｏｓｓｈａｒｄ等用１６ＳｒＲＮＡ 序列同源 性 大 于 等 于９５％至 大 于

等于９９％ 定 義 同 屬 細 菌，用 大 于 等 于 ９９％ 定 義 同 種 細 菌。 16s 18S ITS 的不同測序會有不同的優(yōu)勢。

在過去的十幾年中，下一代測序(NGS)技術(shù)被

用于探索各種生態(tài)系統(tǒng)中微生物群落的多樣

性和組成結(jié)構(gòu)，對研究海洋、土壤、宿主等環(huán)境中

的微生物構(gòu)成有重要的指導(dǎo)作用，同時也是系統(tǒng)發(fā)

育和分類學(xué)研究中一種使用的方法，特別是應(yīng)

用于不同的環(huán)境宏基因組學(xué)樣本中。隨著高通量

測序技術(shù)的不斷發(fā)展和參考數(shù)據(jù)庫的不斷更新，利

用核糖體操縱子作為 DNA 標(biāo)記可以揭示不同生態(tài)

系統(tǒng)中的微生物多樣性和組成。采用第二代高通量

測序平臺測定的16S/18S/ITS某個高變區(qū)域的序列，

可以反映環(huán)境樣品在細菌、、古菌等分類方面

物種之間的差異。然而，針對不同的環(huán)境樣本，引

物的選擇和實驗過程仍然需要更細致的驗證。

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擴增子測序是對特定長度的 PCR 產(chǎn)物或捕獲的片段進行測序，分析序列中的變異。16S/18S/ITS 等擴增子測序即通過提取環(huán)境樣品的 DNA，選擇合適的通用引物擴增 16S/18S/ITS 的目標(biāo)區(qū)域，通過檢測目標(biāo)區(qū)域的序列變異和豐度，以研究環(huán)境微生物多樣性及群落組成差異。 技術(shù)優(yōu)勢： 通量高，適用于大量樣本的特定基因組區(qū)域研究； 周期短，可縮短研究周期，加速臨床應(yīng)用及文章發(fā)表； 信息度高，針對感興趣的基因組區(qū)域進行遺傳變異位點的尋找，可對特定區(qū)域進行深入研究。

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