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即使操作如此簡單,很多實驗者仍然會輕視。在此建議,將溫度梯度優(yōu)化納入到預(yù)實驗環(huán)節(jié)中,通過qPCR的溫度梯度方法確認(rèn)比較好的Ta值。還要提醒大家,軟件預(yù)測的引物和探針的Ta值只用于參考,而且比較好Ta值會隨著反應(yīng)環(huán)境的變化而變化,預(yù)測的準(zhǔn)確度并沒有預(yù)期的那么高,因此不能盲目迷信,比較好的Ta值仍然要通過實驗證據(jù)來確認(rèn)。擴(kuò)增子、探針和引物:說完退火溫度,再來聊聊擴(kuò)增子的選取、探針和引物的設(shè)計,這也是擴(kuò)增效率的重要影響因素。每個 qPCR 試劑盒在上市前應(yīng)該按照行業(yè)統(tǒng)一的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行各種指標(biāo)的系統(tǒng)評估。山東qPCR機(jī)構(gòu)哪里有
與Ct值有關(guān)的參數(shù):標(biāo)準(zhǔn)曲線Standardcurve:模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關(guān)系。利用已知起始拷貝數(shù)的標(biāo)準(zhǔn)品可作出標(biāo)準(zhǔn)曲線,其中橫坐標(biāo)表示起始拷貝數(shù)的對數(shù),縱坐標(biāo)代Ct值。相關(guān)系數(shù)Correlationcoefficient(R^2):反映了標(biāo)準(zhǔn)曲線的線性,通常要求>0.99。擴(kuò)增效率Efficiency(E):通常要求在90%~110%。效率低于100%,是由于PCR反應(yīng)中存在抑制因素;而高于100%可能一些污染、非特異性擴(kuò)增或者是引物二聚體造成。斜率 Slope :當(dāng)擴(kuò)增效率為 100% 時斜率為 - 3.32,當(dāng) 90%-110% 時的斜率為 - 3.58 ~ -3.10。上海TaqMan熒光探針qPCR機(jī)構(gòu)電話TaqMan熒光探針qPCR公司哪家好?
擴(kuò)增曲線異常,比如S型曲線參比染料設(shè)定不正確:MasterMix不加參比染料時,選NONE。模板的濃度太高或者降解。熒光染料的降解。定量PCR儀的開關(guān)機(jī)順序是怎樣的?按照正確的開關(guān)機(jī)順序操作,有助于延長儀器的使用壽命,減少儀器出故障的頻率。開機(jī)順序:先開電腦,待電腦完全啟動后再開啟定量PCR儀主機(jī),等主機(jī)面板上的綠燈亮后即可打開定量PCR的收集軟件,進(jìn)行實驗。關(guān)機(jī)順序:確認(rèn)實驗已經(jīng)結(jié)束后,首先關(guān)閉信號收集軟件,然后關(guān)掉定量PCR儀主機(jī)的電源,然后關(guān)閉電腦。
數(shù)據(jù)分析包括原始數(shù)據(jù)檢查,其質(zhì)量和可靠性評估,以及可值得報告結(jié)果的產(chǎn)生。數(shù)據(jù)采集和提交的變異策略已描述過了,系統(tǒng)性評價顯示qPCR的數(shù)據(jù)分析方法不同于其性能。數(shù)據(jù)分析方法和可信度估計的詳細(xì)信息是必須的,同時所使用的軟件說明書。確定殿堂值和如何處理這些數(shù)據(jù)的方法必須指出。記錄實驗精度需要確認(rèn)用于評價變異的統(tǒng)計方法(如95%CIs)和相應(yīng)的濃度或Cq值的出現(xiàn)。這些信息應(yīng)包括重復(fù)性和再現(xiàn)性數(shù)據(jù),如果可用。如上所述,報告CVs為Cqs是不恰當(dāng)?shù)模驗镃qs常低于(因此可能誤導(dǎo))CVs計算的拷貝數(shù)量值。信息必須提供用于評價準(zhǔn)確性的方法,包括組間差異的統(tǒng)計學(xué)意義。做 RT-qPCR 實驗時,大家常常會遇到各種各樣的問題。
1.1實時定量PCR的簡寫建議實時定量PCR(quantitativereal-timePCR)應(yīng)當(dāng)簡寫為qPCR,反轉(zhuǎn)錄PCR(reversetranscription–qPCR)應(yīng)當(dāng)簡寫為RT-qPCR。用RT-PCR簡寫表示qPCR可以引起混亂,并且與傳統(tǒng)RT-PCR的平常應(yīng)用不符。1.2內(nèi)參基因內(nèi)參基因應(yīng)當(dāng)指的是參照基因(referencegenes),而不是管家基因(housekeepinggenes)。1.3TaqMan探針TaqMan探針應(yīng)指的是水解探針(hydrolysisprobes)。1.4FRETprobeFRETprobe(fluorescenceresonanceenergytransferprobe,熒光共振能量轉(zhuǎn)移探針)指的是一種機(jī)制,基于2個熒光基團(tuán)的電子激發(fā)狀態(tài)之間的相互作用的基礎(chǔ)上的發(fā)光/淬火。LightCycler型探針指的是雙雜交探針(dualhybridizationprobes)。1.5定量quantification牛津英語詞典只列出了定量(quantification),非定量(non-quantification),因quantification是恰當(dāng)?shù)摹?span style="display:none;">為什么我的qPCR每次結(jié)果都不太一樣?實時熒光定量qPCR哪家好
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Ct值能否直接換算成模板拷貝數(shù)?通過制作標(biāo)準(zhǔn)曲線(E:90%~110%,R^2≥0.99,斜率-3.58~-3.10)的方法可以獲得未知樣品的初始模板拷貝數(shù),前提是需要樣品與標(biāo)準(zhǔn)品同時擴(kuò)增,定量標(biāo)準(zhǔn)品需要使用標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)等定量準(zhǔn)確的物質(zhì)(OD260/280換算的的拷貝數(shù)誤差很大),即使如此定值結(jié)果仍存在一定的誤差。熒光定量PCR是否為定量方法?雖然名字里有「定量」,但是qPCR的間接定量方式又復(fù)雜,又受很多因素影響,又不準(zhǔn)確,在計量領(lǐng)域是不被認(rèn)可的。目前的核酸檢測方法中只有數(shù)字PCR是真正的定量檢測方法,其余的都是定性檢測方法。山東qPCR機(jī)構(gòu)哪里有