DNA甲基化對基因表達調控起著動態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip,研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測基因組中的850,000多個甲基化位點。包括FFPE在內的多重樣本可以并行分析,以便在每樣本比較低成本的情況下實現(xiàn)高通量...
DNA甲基化(DNA methylation)是指在DNA甲基化轉移酶(DNMT)催化下,以S-腺苷甲硫氨酸為甲基供體,將活性甲基轉移至DNA鏈中特定堿基上的化學修飾過程。哺乳動物基因組中,DNA甲基化多發(fā)生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化...
體液樣本收集外泌體。 尿液可通過無創(chuàng)的方式收集并且含有泌尿系統(tǒng)發(fā)生疾病時(包括**)產生的外泌體,其性質穩(wěn)定且RNA含量高于尿液中的細胞內的RNA。 1、尿液的收集: 1).盡量選擇受試者的“新鮮”尿液,并注意避免細菌污染。受試者的親屬(性別相...
體液樣本收集外泌體,唾液需要注意的事項: 1)、包括采樣部位;到目前為止,大部分的唾液EVs分析,其樣本來自整個唾液,然而,不同腺體分泌的EVs量和成分肯定不一樣,所以需要對樣本采集標準化,根據不同的研究需要,選取不同的部位來收集唾液。 2)、...
線粒體基因組與疾病研究:線粒體是生物細胞內的能量工廠,具有單獨的基因組。線粒體是核外**含有遺傳效應物質的細胞器,能夠**進行基因的轉錄、翻譯和蛋白質的表達,起基因組約占人類基因組的1%,比核DNA突變率高約10倍,損傷修復能力比核DNA低。研究線粒體基因組序...
亞硫酸鹽結合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段,對于目標基因/位點檢測或者轉化醫(yī)學應用研究來說,需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結合高通量測序的TargetB...
ssGSEA(single sample GSEA)主要針對單樣本無法做GSEA而提出的一種實現(xiàn)方法,原理上與GSEA是類似的。ssGSEA根據表達譜文件計算每個基因的rank值,再進行后續(xù)的統(tǒng)計分析。通過這個方法,我們可以得到每個樣本的免疫細胞或者免疫功...
GeneInteraction基因互作:基因相互作用指miRNA、lncRNA、circRNA或其它RNA介導DNA轉錄,從而影響mRNA的表達過程。通俗意義上來說,基因互作關系指基于序列預測的靶基因對。miRNA通過與靶mRNA的結合,或促使mR...
甲基化敏感性高分辨率熔解曲線分析(MS-HRM) 通過熔解曲線分析可以將單堿基序列的差異轉變成熔解曲線的差異,因此DNA樣本經過亞硫酸氫鹽處理后,甲基化與未甲基化DNA會存在序列差異,這種差異可通過熔解曲線分析來發(fā)現(xiàn)。使用該方法進行甲基化分析...
industryTemplate常見的300種人、小鼠和大鼠基因表達Assay均已在QIAcuity數字PCR平臺上經過驗證。天津Digital PCR數字PCR服務與傳統(tǒng)qPCR技術相比,數字PCR技術具有極高的靈敏度、特異性和精確性,但截止目前而言,數字P...
cdPCR主要以Fluidigm公司的BioMark HD系統(tǒng)以及Life Technology公司的QuantStudio 3D系統(tǒng)為**。Bio Mark系統(tǒng)采用微泵閥式芯片,以聚二甲基硅氧烷為芯片材料,主要依靠微流控通道與閥門的開閉進行原始體系分割,在芯...
聚合酶鏈式反應(polymerasechainreaction,PCR)提出至今已有20年時間,期間PCR已發(fā)展成為分子生物學領域的一項關鍵技術和常規(guī)技術,極大地推動了生命科學各個領域的發(fā)展。特別是90年代后期,美國ABI公司推出的實時熒光定量PCR(real...
Hepatic stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA methylation landscape. J Hepatol. 20
GeneBodyProfile(對比不同的樣品在某一區(qū)域的信號特征,不**于ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq數據):GeneBodyProfile表觀遺傳修飾和對基因表達、細胞發(fā)育等過程有著深遠的影響,但相關的研究還未完善。通...
亞硫酸鹽結合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段,對于目標基因/位點檢測或者轉化醫(yī)學應用研究來說,需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結合高通量測序的TargetB...
亞硫酸鹽結合測序是DNA甲基化檢測的“金標準”方案。除了全基因組甲基化測序等研究手段,對于目標基因/位點檢測或者轉化醫(yī)學應用研究來說,需要靈活的靶向甲基化測序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)結合高通量測序的TargetB...
bubbles(不同分組的基因表達或通路富集展示): Bubbles可以同時展示pvalue和表達量。例如展示motif的pvalue和motif對應的轉錄因子的表達量,方便快速看出轉錄因子富集且高表達所在的group,預示著該分組對細胞狀態(tài)的改變(例如細...
bubbles(不同分組的基因表達或通路富集展示): Bubbles可以同時展示pvalue和表達量。例如展示motif的pvalue和motif對應的轉錄因子的表達量,方便快速看出轉錄因子富集且高表達所在的group,預示著該分組對細胞狀態(tài)的改變(例如細...
體液樣本收集外泌體,腦脊液。 腦脊液中的外泌體含量雖然較其他體液如血液少,但可作為神經系統(tǒng)疾病的潛在生物標志物。腦脊液相對較為穩(wěn)定,但仍需注意以下方面: 1、CSF采集時避免CSF受血液污染 2、對照標本的獲取 ...
下游分析針對LASSO獲得的基因模型(或稱基因Panel)的驗證:1.計算風險指數RiskScore2.繪制ROC曲線、DCA曲線、列線圖進行驗證3.繪制生KM存曲線對基因模型中的基因進行解釋和分析:1.基因注釋2.靶向藥物分析應用示例:文獻1:P...
t-SNE(t分布隨機鄰域嵌入)是一種用于探索高維數據的非線性降維算法。它將多維數據映射到適合于人類觀察的兩個或多個維度。t-SNE非線性降維算法通過基于具有多個特征的數據點的相似性識別觀察到的簇來在數據中找到模式。另外t-SNE的輸出可以作為其他...
Nature:從血液通過exosomes入手早期確診**。原文標題:Glypican-1identifiescancerexosomesanddetectsearlypancreaticcancer。原文摘要:Exosomes are lipid-...
復旦大學腦科學研究院朱劍虹教授、基礎醫(yī)學院沙紅英博士研究組與安徽醫(yī)科大學曹云霞研究組合作,創(chuàng)新性進行極體基因組移植用于預防遺傳線粒體疾病研究。該研究論文于2014年6月在國際刊物《細胞》上發(fā)表。論文**作者單位包括復旦大學醫(yī)學神經生物學國家重點實驗...
基因組組裝:首先,利用ABySS v2.0.2初步組裝Illumina測序數據,然后利用blasR比對Pacbio三代數據,根據比對結果對單分子測序數據進行一次矯正與糾錯,目的在于減少單分子長序列中單堿基、插入缺失的錯誤;***利用糾正過的單分子測序數據與二代...
**多組學研究:與中山大學附屬***醫(yī)院研究團隊合作,在難以獲得復發(fā)轉移肝*組織樣本的前提下,根據現(xiàn)有文獻進行算法還原、建模及數據庫挖掘,獲取公共數據庫中已有肝*樣本(尤其是復發(fā)轉移)RNA-seq、單細胞測序和部分蛋白組學數據,重新進行分析,幾乎是零基礎進行...
云生物開發(fā)了擁有自主知識產權的項目管理系統(tǒng),該系統(tǒng)是一款針對**科研項目進行實時**及狀態(tài)反饋的系統(tǒng)軟件。該系統(tǒng)實時**項目進展各個環(huán)節(jié)、提高科研工作者和服務商間的溝通效率、規(guī)范項目進度監(jiān)管,***掌控項目的服務周期,讓云生物客戶更好的享受服務!本系統(tǒng)軟件目前...
細胞上清(需采用去除外泌體的培養(yǎng)基): (1) 細胞在正常含有血清的培養(yǎng)基中培養(yǎng)一定時間,貼壁細胞密度在70 %-80 %,懸浮細胞密度在60 %-70 %; (2) 對于貼壁細胞,去除原有培養(yǎng)基,換為新的不含外泌體的培養(yǎng)基或者無血...
技術優(yōu)勢: 1. 業(yè)內**的mtDNA&cpDNA富集抽提服務:自主研發(fā)的細胞器基因組富集提取技術,高效實現(xiàn)高質量細胞器基因組富集。 2. 一對一的生物信息分析,人工基因注釋矯正:告別在線注釋平臺的偏差,滿足NCBI數據庫上傳要求,高質量結果交...
三種五味子科葉綠體基因組編碼113個獨特基因,包括79個蛋白質編碼基因,30個tRNA基因和4個rRNA基因。其中,4個蛋白質編碼基因,4個rRNA基因和5個tRNA基因在IR區(qū)域中重復;18個基因含有內含子,clpP和ycf3含有兩個內含子;rp...
葉綠體多態(tài)基因組SSR的開發(fā)和驗證:葉綠體基因組具有古老的遺傳模式,對進化過程具有獨特見解,cpSSR基因座通常分布在整個非編碼區(qū)域,其序列變異高于編碼區(qū),cpSSR標記可用于揭示群體遺傳變異和系統(tǒng)地理學模式。在Oresitrophe和Mukden...